Uczeni z Poznania porównali dostępne w Polsce pełne sekwencje genomu wirusa SARS-CoV-2 z tysiącami z międzynarodowej bazy
Koronawirus obecny w Polsce to genetyczna mieszanka wielu typów i podtypów wirusa SARS-CoV-2 pochodzących z różnych miejsc na świecie – ustalili poznańscy genetycy. Badaniami w Instytucie Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu kierują prof. Ewa Ziętkiewicz, prof. Andrzej Pławski i prof. Michał Witt, szef Instytutu. Efekt? Całościowa analiza porównawcza wszystkich dostępnych pełnych sekwencji genomu wirusa SARS-CoV-2 zidentyfikowanych do tej pory w naszym kraju.
90 sekwencji genomu wirusa, pochodzących z baz kilku polskich ośrodków naukowych, porównano do sekwencji wirusa z międzynarodowej bazy danych GISAID.
– 12 sierpnia w tej bazie było ponad 53 tysiące sekwencji wirusa z różnych krajów, w tym 28,5 tysiąca z Europy. Naszą analizę wykonaliśmy w oparciu o 14 tysięcy pełnych sekwencji wirusa z izolatów europejskich, dostępnych na koniec czerwca. Z tych europejskich sekwencji wybraliśmy 5,2 tysiąca z 27 krajów, w tym 90 z Polski, spełniające określone kryteria jakości – mówi nam prof. Ewa Ziętkiewicz. – Wszystkie analizy przeprowadzono na komputerach stacjonarnych.
Koronawirus SARS-CoV-2 stale mutuje. Występuje w sześciu głównych typach: L, V i S (te typy przeważały w chińskich próbkach z Wuhan) oraz G, GH i GR (najczęstsze w krajach europejskich). Chcąc skutecznie leczyć ludzi zarażonych koronawirusem, musimy wiedzieć, jak ta zmienność genomu SARS-CoV-2 wpływa na zjadliwość patogenu i przebieg choroby.
W Polsce mamy do czynienia z genetyczną mieszanką wielu typów i podtypów wirusa SARS-CoV-2
– W ciągu ostatnich kilku miesięcy opublikowano wiele artykułów dotyczących analiz różnorodności SARS-CoV-2 w różnych krajach i regionach świata. Kraje słowiańskie, w tym Polska, są niedostatecznie reprezentowane w tych badaniach – głównie dlatego, że sekwencje SARS-CoV-2 stały się tu dostępne dopiero niedawno. Nasze badania mają pomóc wypełnić tę lukę w wiedzy. To pierwsza kompleksowa analiza SARS-CoV-2 nie tylko w Polsce, ale w ogóle w krajach słowiańskich – podkreśla prof. Ziętkiewicz.
Uczona podkreśla, że we Francji, Włoszech, w Niemczech, Wielkiej Brytanii, Finlandii, Belgii czy Szwecji epidemia wybuchła ponad dwa tygodnie wcześniej niż w Polsce. Zanim COVID-19 zaatakował nasz kraj, wszystkie główne typy koronawirusa były już obecne w Europie.
– Analiza wszystkich dostępnych w naszym kraju sekwencji SARS-CoV-2 pokazuje, że szczepy koronawirusa krążące w Polsce reprezentują zmienność występującą w innych krajach europejskich – mówi prof. Ziętkiewicz. – To oznacza, że mamy do czynienia z genetyczną mieszanką wielu typów i podtypów wirusa SARS-CoV-2.
Poznańscy naukowcy wykazali, że 89 procent polskich próbek koronawirusa reprezentuje typ G. Nie można więc mówić o „polskich odmianach” koronawirusa. Mówimy raczej o „polskim profilu częstości występowania europejskich odmian” tego patogenu.
W raporcie z badań naukowcy zaznaczyli, że „nadreprezentacja poszczególnych typów genetycznych koronawirusa jest efektem transferu wirusa, jego gwałtownego namnożenia oraz wybiórczego pobierania próbek z poszczególnych miejsc. Dlatego tak istotne jest wprowadzenie szeroko zakrojonego programu testów genetycznych koronawirusa w Polsce, o co poznański Instytut Genetyki Człowieka PAN intensywnie zabiega od długiego czasu”.
– Przeprowadzona analiza daje pierwszy jak dotąd wgląd w różnorodność sekwencji SARS-CoV-2 na terenie Polski. Wiedza ta jest ważna nie tylko dla celów diagnostyki. Pozwoli ona także na dostosowanie przyszłych terapii czy szczepionek do specyfiki zakażeń w polskiej populacji, zgodnie z kwalifikacją wirusa do określonego podtypu – wyjaśnia prof. Ziętkiewicz.